De fyra ministrar som avgår är turistministern, ministern för telekomfrågor, miljöministern samt en minister med ansvar för parlamentet, rapporterar Reuters.
Ingen anledning gavs till avgångarna, men den statliga nyhetsbyrån har tidigare rapporterat att ministrar överväger att avgå i sympati med demonstranterna.
Turistminister Hisham Zazou ville avgå redan förra månaden, sedan president Mursi utnämnt Adel al-Khayat, medlem i ett islamistparti med kopplingar till massakern på turister i Luxor 1997, till guvernör i staden. Zazou återgick till jobbet efter en vecka sedan protester fått al-Khayat att lämna posten.