Det finns stor risk för avstötningsproblem vid behandling med stamcellslinjer som inte är kroppsegna. Då främmande celler injiceras kan immunförsvaret reagera med
att stöta bort dessa celler. Detta kan i sig vara mycket farligt för patienten. För att komma tillrätta med detta så ger man immundämpande mediciner. Det är inte heller ofarligt, eftersom det nedsatta immunförsvaret inte kan stå emot eventuella infektioner. Dessutom ökar risken att utveckla cancertumörer. Användandet av stamceller har visats sig kunna leda till just ohejdad celldelning, eller, med ett annat ord - cancer.