Forskning kring vuxna stamceller är okontroversiell. Kritiken som har riktats är framförallt mot embryonal stamcellsforskning, och debatten rör då frågan om när mänskligt liv börjar. Det finns de som inte anser ett embryo vara något annat än vävnad. Andra tycker att embryot har mänskligt värde, men anser att fördelarna som stamcellerna ger överväger. Sedan finns det grupper som anser att livet börjar redan vid befruktningen och att det mänskliga livet sedan är okränkbart.

I USA förbjöd George W. Bush federalt finansierad forskning på embryonala stamceller, men Barack Obama har nu hävt det förbudet. Det har inte varit förbjudet att forska på embryonala stamceller under den här tiden i USA, men forskningen har finansierats privat.

I Sverige har debatten varit ganska ljummen. De som framförallt opponerat sig är kristdemokraterna, men de har nu kommit fram till en kompromissattityd: man ska helst hitta något som är bättre en embryonala stamceller - d. v. s. utveckla forskningen kring vuxna stamceller - men innan man gjort det är embryonal stamcellsforskning acceptabel.

Dessutom finns problemet med stamcellsturism. Privata vårdgivare i länder som inte har så strikt lagstiftning kring stamceller erbjuder dyra stamcellsbehandlingar för allt från hjärtsjukdomar till autism. Svenska läkare menar att detta bara handlar om att lura sjuka människor på pengar och att stamcellsbehandling inte fungerar på de sjukdomar som de här sjukhusen hävdar att de kan bota.